1.法人税の取扱い
（1）基本的な考え方
法人税法では、購入した減価償却資産の取得価額は、「購入の代価」に、引取運賃や手数料等の購入のために要した費用及び事業の用に供するために直接要した費用を加えて計算します（法人税法施行令54条1項1号。非減価償却資産の土地についても会計基準や法人税法の通達に従い同様に計算します）。
この場合の「購入の代価」とは、原則として実際の取引で合意・成立した価額であり、不特定多数の当事者間で自由な取引が行われる場合に通常成立すると認められる価額（これを｢客観的交換価値｣といい、土地の公示価格が代表例です。）を反映した水準であるはずです。
ただ、実際には売り急ぎ等の個別事情や当事者の主観的評価により価格が決められるので、必ずしも客観的交換価値と一致しません。その場合でも通常取引の結果である限りは、客観的交換価値を求めてそれに引き直し、その差額は寄附金に当たるという認定は行われません（ただし、どうみても不当に高額な部分がある場合には、法人税法22条2項、3項、高額取得の場合は法人税基本通達7-3-1により、その部分につき寄附金とされます）。
上記の考え方より、契約書で土地及び建物の譲渡譲渡対価が区分（契約書の「内、消費税額○○円」等の記載から建物の取得価額が逆算できる場合も含みます。）されていない場合や、区分されていても合理的ではない揚合には、税務上の問題が生じます。
例えば、土地について路線価を基礎に公示価格に引き直したものを算定し、全体の譲渡価額からその算定額を控除した残額を建物の取得価額とする方法は、一見良いように思えますが、全体の価額が客観的交換価値とはいえない中で、土地の価額だけを客観的交換価値とすると、建物の価額に主観的な要素の影響が全て寄せ集められる結果となり、区分の方法としては無条件によいとはいえません。
（2）法人税法上、妥当とされる区分方法
①固定資産税評価額の割合による区分
法人税の課税の現揚や裁判例などで比較的多く採用されている区分は、一定の方法により算出した土地と建物の価額の割合によって、売買価額の総額を土地と建物に按分する方法です。その割合の基になる価額として固定資産税評価額は、同一の公的機関が同一時期に時価を反映した合理的かつ統一的な評価基準で評価した価額であり、その入手の容易性等から一定の優位性が認められます。
②鑑定価額の割合による区分
①の固定資産税評価額は見直しが3年ごとであるため、取引時点とのズレが気になるケースもあり得ます。そのような場合、費用はかかりますが、土地と建物につき不動産鑑定士による鑑定を行い、その鑑定価額（これも｢客観的交換価値｣です。）の割合で按分することが、基準の同一性・時価の反映等の点で問題が生じない区分方法といえます。
2.消費税の取扱い
建物の譲渡は課税資産の譲渡等に当たり消費税の課税対象取引ですが、土地の譲渡は課税資産の譲渡等に当たらず消費税は非課税です（消費税法6条）。事業者が建物（課税資産）と土地（非課税資産）とを同一の者に対し一括売却した場合、これらの資産の譲渡の対価の額（消費税及び地方消費税を含まない額）が、課税資産の譲渡の対価の額と非課税資産の譲渡の対価の額に合理的に区分されていないときは、課税資産の譲渡等に係る消費税の課税標準は次の算式で計算されます（消費税法施行令45条3項）。
（算式）課税資産及び非課税資産の譲渡の対価の額×［資産の譲渡の時における課税資産の価額÷資産の譲渡の時における課税資産の価額と非課税資産の価額との合計額］
消費税法施行令45条3項は、課税資産の対価の額が過少である場合又は過大である場合のいずれにも適用される強行規定であり、同項により区分され直したときは、売主の消費税・地方消費税額も変わります。この場合、買主においてもそれに合わせて仕入税額控除（消費税法30条）の再計算が必要になると思われます。
これについて法令に直接的な規定はありませんが、消費税法が前段階での税額の控除をする仕組みとなっており、仕入税額控除の控除税額の基礎となる、78/110を掛ける「課税仕入れに係る支払対価の額」の意義について、消費税法30条6項のかっこ書が「課されるべき消費税額等を含む」と規定されていることから、そのような処理が予定されているものと解されます。
